Integración de Java y C: ejecutar una aplicación

Necesito tu ayuda. Tengo un ejecutable en C llamado "generator.out" que es una función main () que recibe int argc y char * argv []. Los argumentos para esta función principal son un archivo (llamémoslo sample.da) y un archivo de destino (llamémoslo.bn). Necesito crear una interfaz java que pueda leer esos nombres (sample.da y out.bn) y ejecutar mi función. El código que tengo hasta ahora es:

package swingapps;

import javax.swing.*;
import java.awt.Dimension;
import java.awt.event.*;
import java.io.File;
import java.io.IOException;
import java.lang.*;


public class Swingapps {
private JButton button = new JButton("Generate Bayesian Network");
private JTextField path=new JTextField(40);
private JTextField name=new JTextField(40);
public Swingapps(JPanel jp) {
    jp.add(button);
    jp.add(path);
    jp.add(name);
    button.addActionListener(new Handler());
    path.addActionListener(new Read());
    name.addActionListener(new Call());
}
String text;
private class Read implements ActionListener {
    public void actionPerformed(ActionEvent evt) {
    text = path.getText();
    path.selectAll();
}
}

String namet;
private class Call implements ActionListener {
    public void actionPerformed(ActionEvent evt) {
    namet = name.getText();
    path.selectAll();
}
}
File filep=new File("text"+File.separator+"text");
File filen=new File("namet"+File.separator+"namet");

private class Handler implements ActionListener {
    public void actionPerformed(ActionEvent e) {
        try {
        Process p= Runtime.getRuntime().exec("/home/user/workspace/proj2/./generator.out");
        }
        catch(IOException ioex)
        {
            ioex.printStackTrace();
        }
    }
}

public static void main(String[] args) {
    JFrame frame = new JFrame("Contador               ");
    frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
    JPanel p = new JPanel();
    frame.setContentPane(p);
    p.setLayout(new BoxLayout(p,BoxLayout.Y_AXIS));
    Swingapps app = new Swingapps(p);
    frame.pack();
    frame.setVisible(true);
    }

}

Tenga en cuenta que soy un novato en Java, así que no entiendo mucho de esto. ¡Solo necesito una interfaz simple para ejecutar este programa!

¡Muchas gracias!

Eche un vistazo a la clase ProcessBuilder , aquí hay un ejemplo que podría adaptarse a su situación:

String command = "generator.out";
String arg1    = "sample.da";
String arg2    = "out.bn";
java.io.File workinDir = new java.io.File("/tmp");
ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder(command, arg1, arg2);
pb.directory(workinDir);
Process p = pb.start();